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絕緣子的作用是有方向性的，這是在果蠅實驗中發(fā)現(xiàn)的。果蠅的黃色基因座y上插入轉(zhuǎn)座子gypsy后，會造成有些組織中的y基因失活，但有些組織中y基因仍然有活性，其原因在于轉(zhuǎn)座子gypsy的一端有一個絕緣子序列。當gypsy在y基因座的不同位置上插入時，對基因的活性有不同的效應(yīng)。這是因為y基因的活性受4個增強子調(diào)控，當絕緣子正好插在啟動子的上游時，就在翅肩和軀體上皮組織中阻斷基因的活化，但不阻斷在剛毛和跗足組織中y基因的表達。由于有些增強子位于啟動子上游，有些位于下游，所以絕緣子的效應(yīng)并不取決于絕緣子同啟動子的相對位置。因此，對絕緣子效應(yīng)的方向性的原因還沒有真正弄清楚。目前已發(fā)現(xiàn)有兩個基因座以反式活化方式影響絕緣子的功能?；騍2J編碼的核蛋白識別絕緣子，絕緣子同其結(jié)合后才有絕緣作用。當該基因突變后，盡管y基因座中插入了絕緣子，但失去了絕緣作用，y在所有組織中都表達。另一個基因座是mod，該基因發(fā)生突變后，其效應(yīng)正好與Su相反，即這些突變型都增強了絕緣作用，使絕緣子的絕緣效應(yīng)不再有方向性而得到擴展，也就是阻斷了上游和下游兩側(cè)的增強子的效應(yīng)。有一種解釋認為先是Su(Hw)同絕緣子DNA結(jié)合后，使絕緣子有絕緣效應(yīng)。mod同Su結(jié)合，使絕緣子失去絕緣效應(yīng)；突變的mod不能同Su結(jié)合，于是絕緣子又增強了絕緣作用。
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